Múzeum eviduje vo svojom knižničnom fonde vyše 11 000 kníh a zborníkov z oblasti humanitných a prírodných vied.

Jednotlivé knižné tituly z odborov archeológie, histórie, regionálnej archeológie a histórie, dejín umenia, národopisu i zoológie a botaniky je možné požičať si iba prezenčne.

Knižnica sa nachádza v budove tzv. Starého kaštieľa, za Rímskokatolíckym farským kostolom v parku Kerta (sídlo administratívy ZM)

Vstup do knižnice pre študijné účely je za poplatok.